Les incinérateurs de déchets médicaux rejettent dans l'atmosphère des dioxines, des furanes et des métaux lourds (notamment plomb, mercure et cadmium), des poussières fines, de l'acide chlorhydrique, du monoxyde de carbone, des oxydes d'azote, des Produits de combustion incomplète (PIC) et de nombreux autres polluants.